#NEXUS

BEGIN TAXA;
	DIMENSIONS NTAX = 5;
	TAXLABELS
		'HKL5' 'PTR7' 'HSA1' 'HKL8' 'PHA' ;
END;

BEGIN CHARACTERS;
	DIMENSIONS NCHAR = 552;
	FORMAT
		DATATYPE = DNA

		GAP=-
		MISSING=?
	;

MATRIX
	'HKL5'  AGGTTGACGGTTTCTAAGGATGATTCTTTCTGAGTGAAATATTGTCAGTGTCATTGACCTTTTCATTATTTCAACTATTATTATTCCAGGTTATCAATTCTCCACCTGATCATTTTCATCCTGGGACTGACTTTTGTGGA--------AT-------------------------------TCC---------------TTGGATAGTTATCATTATTGTGTTTCTGGGAATTTCTACACTTGCTATTTTCCTCTGGAAAACTAGCCTTTGTGTGAGTATACTAACTTTCTGTAGAGGTATACTTGTAATCAAAAATAAGAAGAAATTATTTAAAACAATTCACGTTTCTGGACTTCATTATGAATATGTGGTTTTACCCAAAAAA-TCAGGGAAATGATCTATTAGCA-TAAGAATTATGAAAATA-------------------TCTGCCATTTACATTATGAAAATTAAATAGGTTGG-TGTTTGTTTAATAAAATGTCAACAGAGCTTTTGGTCAAAAATAACTTTTTTTAACCTTAGTGTTATTTAT
	'PTR7'  AGGTTGACGGTTTCTAAGGATGATTCTTTCTGAGTGAAATATTGTCAGTGTCATTGACCTTTTCATTATTTCAACTATTATTATTCCAGGTTATCAATACTCTGGCTGACCATCGTCATCGTGGGACTGACTTTGGTGGA--------AG-------------------------------TCC---------------TTGGTTAGGTATCATTATTGAATTTCTGAGAAGTTATAAAGTTGTCATTACCCTCTGGACAGTTTACCTTTGGGTGAGTATACTAACTTTCTGTAGAGGTATACTTGTAATCACAAATAAGAATAAATTATATAAAACAATTCACGTTTCTGGACTTCATTATGAATATGTGGTTTTACCCAAAAAA-TCAGGGAAATGATTTATTAGCA-TAAGAATTATGAAAATA-------------------TCTGCCATTTACATTATGAAAATTAAATAGGTCAG-TGTTTGTTTAATAGAATGTCAACAGAGCTTTTGGTCAAAAATATGTTTTTTTAACCTTTGTGCTATTTGT
	'HSA1'  AGGTTGACGGTTTCTAAGGATGATTCTTTCTGAGTGAAATATTGTCAGTGTCATTGACCTTTTCATTATTTCAACTATTATTATTCCAGGTTATCAATACTCTGGCTGACCATCATCATCGTGGGACTGACTTTGGTGGA--------AG-------------------------------TCC---------------TTGGTTACGTATCATTATTGCATTTCCGAGAAGTTATAAAGTTGTCCTTACCCTCTGGACAGTTTACCTTTGGGTGAGTGTACTAACTTTCTGTAGAGGTATACTTGTAATCACAAATAAGAATAAATTATATAAAACAATTCACATTTCTGGACTTCATTATGAATATGTGGTTTTACCCAAAAAA-TCAGGGAAATGATTTATTAGCA-TAAGAATTATGAAAATA-------------------TCTGCCATTTACATTATGAAAATTAAATAGGTCAG-TGTTTGTTTAATAGAATGTCAACAGAGCTTTTGGTCAAAAATAAGTTTTTTTAACCTTTGTGCTATTTGT
	'HKL8'  AGGTTGATGGTTTCTGAGGATGATTCTTTCTGAGTGAAATATTGTCAGTGTCATTGACCTTTTCATTATTTCAACTATTATTATTCCAGGTTATCAATTCTCCACCTGATCATTTTCATCCTGGGACTGACTTTTGTGGA--------AT-------------------------------TCC---------------TTGGATAGTTATCATTATTGTGTTTCTGGGAATTTCTACACTTGCTATTTTCCTCTGGAAAACTAGCCTTTGTGTGAGTATACTAACTTTCTGTAGAGGTATACTTGTAATCAAAAATAAGAAGAAATTATTTAAAACAATTCACGTTTCTGGACTTCATCATGAATATGTGGTTTTACCCAAAAA--TCAGGGAAATGATCTATTAGC--TAAGAATTCTGAAAAT--------------------TCTGCCATTTACATTATGAAAATTAAATAGGTTG--TGTTTGTTTAATAAAATGTCAACAGAGCTTTTGGTCAAAGATAACTTTTTTTAACCTTAGTGTTATTTA?
	'PHA'   TAGTATACGGTCTCTAAGGATGATTCTTTTTGACTGAAATATTGTCAGTGTCATTGACCTTTTCGTTATTTCCACTATTATTATTTCAGGTTATCAATTCTCTGCCTGACCATTTTCAGCCTGGGCCTGACTTTTTTGGA--------AT-------------------------------TCC---------------TTGGATAGCTATCATTATTGTGTTTCTGGGAATTTCTACACTTGGCATTTTCCTCTGGAAAGCTAGCTTTGGTGTGAGTATACTAACTTTCTGTAGAGGTGTACTTGTAACCACAAATGAGAAGAAATTATTTAAAACAATTCATGTTTCTGGACTTCATTATCAATATGTGGTTTTACCCAAAAAA-TCAGGGAAATGATTTATTAGCA-TAAGAATTATGAAGATGGGAGGGTTTTTTGGGGTTTTCCCCCATTTACATAAGAAAAATAAAAAAGGGTGGGTTTTTGTTTAATAAAATGTCAACAGAGCTTTTGGTCAAAAATAACTTTTTTTAACCTTAGTGTTATTTAT;
END;

BEGIN ASSUMPTIONS;
	CHARSET Intron = 1-89 276-552;
	CHARSET Exon = 90-140 147-152 180-185 198-275;
END;